SFアニメの金字塔「機動戦士ガンダム」を生み出した富野由悠季監督が、2014年に手がけたテレビシリーズ「ガンダム Gのレコンギスタ」を再構築した劇場版5部作の第2部。ベルリたちを救出するため出撃したデレンセンが、海賊部隊のメガファウナを襲撃。地球周回軌道上での戦闘を余儀なくされたベルリは、戦っている相手が恩師デレンセンであることに気づかず、迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはG-セルフとラライヤ・マンディの身柄を要求し、次々と部隊を出撃させる。その背後には、スコード教のタブーをも無視する、宇宙からの脅威の存在があった。